建設から年月が経ち、現在最も注視されているのが舞洲スラッジセンターの稼働状況と維持費の実態です。
かつて本施設の中核を担っていた「汚泥溶融炉」は、1300度以上の高温で汚泥を焼き固めてガラス質のスラグにし、建設資材などに再利用する画期的な技術でした。しかし、この方式は膨大な重油や電力を消費するという致命的な弱点を抱えていました。2000年代後半以降の原油高、さらには脱炭素（カーボンニュートラル）社会への世界的なシフトに伴い、年間に数十億円規模を要する燃料費と維持管理費は財政上の深刻な重荷となったのです。
この事態を受け、大阪市は処理プロセスの抜本的な再構築を断行しました。溶融処理への依存度を段階的に引き下げ、よりエネルギー消費が少なく温室効果ガス排出を抑えられる「汚泥炭化事業（バイオマス燃料化）」への転換や、PFI手法を用いた包括的民間委託事業を推進しています。現在では、単なる金食い虫の焼却施設ではなく、大阪市全域の下水処理ネットワークを支える「汚泥の集約・脱水・資源化拠点」として、実利重視のオペレーションへとシフトしています。
