プライベートに関して、宮本亜門は現在まで独身を貫いています。ネット上では過去に結婚歴や特定のパートナーに関する憶測が飛び交うこともありましたが、法的な婚姻歴はありません。
彼は自らのセクシュアリティについて過去のメディア取材や著書で率直に言及しており、男性・女性という枠組みに囚われない人間愛を重視する姿勢を一貫して示しています。「結婚という制度に縛られることよりも、互いの魂が深く結びつく関係性を大切にしたい」という価値観を持っています。
そんな彼の精神的な支柱となっているのが、沖縄県南城市に構えた自宅（別荘）です。眼前に太平洋の大海原が広がる崖の上に建てられたこの家は、彼にとって創作活動のプレッシャーや東京の喧騒から完全に解放される「聖域」となっています。
沖縄の温暖な気候と豊かな自然に囲まれ、自ら庭の手入れを行い、波の音を聴きながら台本を執筆する生活。この東京と沖縄を行き来する二拠点生活（デュアルライフ）こそが、がん克服後の彼の心身を整え、枯れることのないクリエイティビティを生み出す原動力となっています。
