近年、人類遺伝学の分野では日本人のルーツ最新研究が大きなパラダイムシフトを迎えています。長年定説とされてきた「縄文人と渡来系弥生人の二重構造モデル」に加え、古墳時代にさらなる東アジア系集団の大規模渡来があったとする「三重構造モデル」が有力視されるようになりました。
全ゲノム解析技術によって、縄文人DNA現代人への継承比率も明確な数値で示されています。一般的な本土日本人においては、全ゲノムのうち約10〜20%が縄文人由来であり、残りの80〜90%は弥生時代以降に渡来した集団の遺伝子で構成されています。一方、沖縄の人々では約30%、アイヌの人々では約70%と、高い比率で縄文人のDNAが保持されています。
わずか十数パーセントの遺伝子比率でありながら、くっきりとした二重まぶたや濃い眉、耳垢の性質といった顕著な表現型（見た目の特徴）は優性遺伝することが多く、現代の私たちの顔立ちに確固たる個性として残り続けています。
