2018年8月15日の夜、都内の病院で迎えた最期の様子は、取り乱すような混乱はなく、夫や息子らごく近しい家族に囲まれた、静かで温かな看取りだったと報じられています。苦しい呼吸のなかでも家族の手を握り、感謝を伝えながら息を引き取ったとされています。近親者のみで密葬が執り行われた後、公式発表がなされました。
その後、同年11月16日に東京・青山葬儀所で営まれた「さくらももこさん ありがとうの会」は、彼女の遺志を完璧なまでに具現化した類を見ない追悼の場となりました。
会場に設けられた祭壇は、黒や白を基調とした厳粛なものではなく、自筆のイラスト、富士山、まる子や親友のたまちゃん、そして約3万本の鮮やかな生花によって彩られました。参列者に配られた返礼品もユーモアにあふれ、しめやかな涙ではなく「ありがとう」という感謝の笑顔があふれる演出が徹底されていました。
祭壇の前では、アニメのエンディング曲を担当した桑田佳祐さんが代表曲「100万年の幸せ!!」を生ギターで熱唱。まる子役の声優を務めたTARAKOさんは、まる子の声で「プライベートのももこ先生は、天使のように優しく、時にいたずらっ子で…ももこ先生、天国でもたくさん面白いこと描いてよね！」と呼びかけ、会場は涙と温かな笑いに包まれました。死すらもユーモアで包み込む、さくらももこ流のグランドフィナーレでした。
