有馬温泉を訪れる最大の動機である「湯」に関して、メルヴェール有馬はトップクラスの優位性を誇ります。有馬には鉄分と塩分を豊富に含み赤褐色に濁る「金湯（含鉄ナトリウム塩化物強塩高温泉）」と、炭酸泉やラジウム泉からなる透明な「銀湯」が存在しますが、この双方を館内大浴場に備えている宿泊施設は温泉街全体でもごく一握りに限られます。
一般的な滞在では、外湯である公共浴場「金の湯」「銀の湯」まで浴衣姿で歩いて移動する必要がありますが、メルヴェール有馬では地下のスパフロアに足を運ぶだけで、両方の泉質を同時に堪能できます。金湯特有の濃厚な保温効果によって身体の芯まで温まった後、銀湯の滑らかな湯ざわりで肌を引き締めるという贅沢な温冷・泉質交代浴が可能です。
さらに館内には、運動やリラクゼーションを目的としたメルヴェール有馬のプールとサウナが完備されています。本格的な屋内温水プール（利用期間・営業規定あり）と、汗を流せるドライサウナ、ジャグジーが一体となったスパ環境は、単なる温泉旅館の枠組みを超えたリゾートホテルならではの設備構成です。宿泊だけでなく、観光の合間に名湯を堪能できるメルヴェール有馬の日帰り温泉プランも用意されており、週末の小旅行として立ち寄る旅行者からも高い人気を集めています。
