横浜第二合同庁舎へのアクセスは、鉄道網が極めて発達しているため公共交通機関の利用が最も推奨されます。最寄り駅となるみなとみらい線「馬車道駅」からは、出口4または北仲ブリック＆ホワイト方面出口を利用することで、雨天時でもほぼ濡れずに徒歩約1分で敷地内へアプローチ可能です。
JR根岸線および横浜市営地下鉄ブルーラインの「桜木町駅」東口からは、汽車道方面または北仲橋を経由して徒歩約8分。同じくJR「関内駅」北口からも馬車道商店街を抜けて徒歩約10分程度で到着できるため、複数路線からのアクセス性に優れています。
一方、車で来庁する場合の駐車場事情には注意が必要です。庁舎敷地内には公用車および来庁者用の地下駐車場が整備されていますが、収容台数は限られており、原則として公的手続きや公務による正当な来庁者が優先されます。
「食堂のランチ利用だけ」「建築外観の写真撮影だけ」といった目的での専用駐車場利用は原則として認められていません。一般来庁で車を利用する場合は、隣接する北仲エリアの有料駐車場（タイムズ等）や、周辺の民間パーキングを利用するのが確実です。周辺の駐車料金相場は30分あたり300円〜400円程度となっています。
