通院や健診、お見舞いの際に事前に把握しておきたいのが、函館市医師会病院のアクセス・駐車場情報です。病院は函館市富岡町に位置し、閑静な住宅街と主要幹線道路の結節点近くにあります。
公共交通機関を利用する場合、函館バスの利用が最も実用的です。JR函館駅前バスターミナルや五稜郭エリアから発着する路線バスを利用し、「富岡中央」または「医師会病院前」バス停で下車すると、徒歩数分で正面エントランスへ到達できます。函館市電の停留所からは距離があるため、市電五稜郭公園前電停などからバスへの乗り換え、またはタクシー（約10分）の利用が現実的です。
自家用車で来院する場合、敷地内に外来受診者・健診受診者用の広大な専用駐車場が完備されています。駐車料金は外来診療や健診、人間ドックの利用者は所定の手続き（駐車券の割引認証）を受けることで無料または低額で利用可能です。ただし、健診受診者が集中する平日午前8時から9時30分の時間帯は、第一駐車場が一時的に混雑するため、時間に余裕を持った到着が求められます。
