崇城大学を語る上で欠かせないのが、他の追随を許さない専門学科の突出した教育環境です。その筆頭が、工学部宇宙航空システム工学科に設置された航空操縦学専攻（パイロットコース）です。
日本の私立大学において、パイロット養成コースを設置している大学はごくわずかしか存在しません。その大半が海外のフライトスクールへ委託訓練を行う中、崇城大学は熊本空港に隣接する「空港キャンパス」に専用の滑走路誘導路、格納庫、そして自前の練習機群（バロン、シーラス等）を直接保有しています。現役のエアライン教官経験者によるマンツーマンに近い指導体制が敷かれ、学内で事業用操縦士免許から計器飛行証明まで一貫して取得可能です。航空業界関係者の証言によると、「崇城出身の訓練生は、国内特有の気象や過密な管制手順を熊本の実機訓練で叩き込まれているため、大手エアラインの副操縦士採用試験での適応力が非常に高い」と評価されています。
もう一つの強力な牽引車が薬学部（6年制）です。私立大学の薬学部といえば、国家試験合格率の維持のために激しい留年淘汰が行われる事例が全国的に問題視されますが、崇城大学薬学部は入学初期からのきめ細やかなリメディアル教育と、少人数ゼミ形式のメンターシップに定評があります。キャンパス内には附属薬局や高度なDDS（ドラッグデリバリーシステム）研究所を備え、単なる国試予備校的な詰め込みにとどまらず、研究マインドを持った臨床薬剤師を育成する環境が高く評価されています。
